NPO法人は、国又は、都道府県、市町村等（所轄庁）の認証により「特定非営利活動法人（NPO法人）」を名乗ることが出来ます。
そのNPO法人を監督しているのは、認証した所轄庁です。
その法人が、どこの所轄庁の認証か確認してください。
NPO法人検索 http://www.npo-homepage.go.jp/npoportal/Portal_search
上記で確認後、その所轄庁へ申し立てを行ってください。
国の認証ならば、下記のページ（内閣府）で監視していますので、そちらにご連絡してみてはどうでしょうか。
http://www.npo-homepage.go.jp/